Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 adalah sekolah setingkat SMP dengan kurikulum Pengetahuan umum yang sama dari Departemen Pendidikan Nasional, ditambah dengan kurikulum agama dari Kementerian Agama. Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Jakarta terletak di Jalan Pupan Kelurahan Pondok Pinang Kecamatan Kebayoran Lama Kota Jakarta Selatan Prov. DKI – Jakarta.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Jakarta berdiri sejak 1979 berdasakan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 1978.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 merupakan pemisahan dari Pendidikan Guru Agama Negari (PGAN) 6 (enam) tahun Pondok Pinang. Pada tahun 2004 Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Jakarta yang semula lokasinya dekat dengan Jalan TOL Pondok Pinang menempati gedung baru yang terletak di Jalan Pupan ex Madrasah Aliyah Negeri 4 Pondok Pinang.
Gedung MTS Negeri 3 terdiri dari 3 lantai dengan jumlah ruang sebanyak 40 ruang dengan rombongan belajar 24 Kelas. Hingga saat ini MTS Negeri 3 telah dipimpin oleh Kepala Madrasah sebanyak 12 orang.
PARA KEPALA MADRASAH
- Kepala Madrasah yang pernah bertugas di MTs Negeri 3 Jakarta
- Pendiri : Drs. H. Ikhsan Ismail
| Drs. E. Komaruddin | 1979 – 1986 |
| Drs. H. Lukman hakim | 1986 – 1993 |
| Drs. H. Nur Ali | 1993 – 1998 |
| Drs. Faqih Syukri | 1998 – 2002 |
| Drs. M. A. Saefudin | 2002 – 2003 |
| Drs. H. M. Rachmat Syah | 2003 – 2007 |
| Drs. H. Budi Haerawan, Msi | 2007 – 2009 |
| Drs. H. Mushadik Noor | 2009 – 2011 |
| Dra. Hj. Faizah | 2011 – 2013 |
| Jumanto, M.Pd | 2013 – 2018 |
| Dr. Syamsudin, M.Pd | 2018 – 2022 |
| Dra. Hj. Makiyah, M.Pd | 2022 – sekarang |